ويعمل معهد العلوم الإسلامية بموجب نظام أساسي شامل وضعه مؤسسه، مولانا فيض الرحمن عثماني والتي تشكل الأساس لهيكلها الإداري والتنظيمي. ويتم إدارة المعهد من خلال إطار تعاوني يضم الهيئات الإدارية الرئيسية التالية:
المجلس التنفيذي - يشرف هذا المجلس على التخطيط الاستراتيجي وصنع السياسات والتوجيه العام للمعهد، وضمان التوافق مع رسالته ورؤيته.
مجلس عام - يتولى هذا المجلس مسؤولية إدارة العمليات اليومية، ويضمن حسن سير الأنشطة الأكاديمية والإدارية للمعهد. ويتكون المجلس العام من الأعضاء الثلاثة التاليين:
| لا. | اسم | تعيين |
|---|---|---|
|
1) |
عبدالله محمد اقبال |
رئيس |
|
2) |
سبقت منصور |
نائب الرئيس والمدير |
|
3) |
محبوب الهي |
الأمين العام |
المكتب الرئيسي - يعمل المكتب الرئيسي كمركز إداري أساسي، ويتولى تنفيذ السياسات والتنسيق بين الأقسام والتواصل الفعال بين الموظفين والطلاب.
رئيس
نائب الرئيس والمدير
الأمين العام
